# Resulting file structure
│ ├── EXAMPLE2_R1.fastq.gz
│ └── EXAMPLE2_R2.fastq.gz
│ ├── EXAMPLE1_trimmed_1P.fastq
│ ├── EXAMPLE1_trimmed_1U.fastq
│ ├── EXAMPLE1_trimmed_2P.fastq
│ ├── EXAMPLE1_trimmed_2U.fastq
│ ├── EXAMPLE2_trimmed_1P.fastq
│ ├── EXAMPLE2_trimmed_1U.fastq
│ ├── EXAMPLE2_trimmed_2P.fastq
│ └── EXAMPLE2_trimmed_2U.fastq
│ │ ├── EXAMPLE1_assembly.fasta
│ │ ├── EXAMPLE1_assembly.nhr
│ │ ├── EXAMPLE1_assembly.nin
│ │ └── EXAMPLE1_assembly.nsq
│ ├── EXAMPLE2_assembly.fasta
│ ├── EXAMPLE2_assembly.nhr
│ ├── EXAMPLE2_assembly.nin
│ └── EXAMPLE2_assembly.nsq
│ ├── EXAMPLE-QUERY_EXAMPLE1.txt
│ └── EXAMPLE-QUERY_EXAMPLE2.txt
│ ├── EXAMPLE-QUERY_EXAMPLE1_retrieved.fasta
│ ├── EXAMPLE-QUERY_EXAMPLE1_retrieved.gff
│ ├── EXAMPLE-QUERY_EXAMPLE2_retrieved.fasta
│ └── EXAMPLE-QUERY_EXAMPLE2_retrieved.gff
│ └── EXAMPLE-QUERY_all.fasta
└── EXAMPLE-QUERY_aligned.fasta